生き別れ，生离，生别。指有血缘关系的亲人各自分别的状况，肉親などが生きたままで離れ離れになること。 文中应该是指男主和妹妹因为父母离异/同父异母/同母异父这样的原因而造成各自在幼年期就分别乃至互为陌路的情况吧。

汗，同想了很久，，，想着估计也就这个意思了吧。。。。