故事发生的地点是独立都市ミルフエ，一座沿海的港城，出产海产品和矿石，作为交易的中继地，商业也很繁盛。

这一天，城中来了一位不同寻常的人物，他的名字是セリカ·シルフィル，虽然是男性，但却有部分女性特征。他的不寻常在于他是背负着"神杀"称号的人，这个称号象征着永恒不灭的生命，强大无匹的力量，但同时也是令所有的神与人恐怖的存在，是他们极欲消灭的敌人。

几十年前，因为某种理由主角与一位古代女神アストライア对战，最后居然战胜了拥有绝对力量的女神，但其肉体已受到致命的创伤，于是便将女神的灵魂封禁，夺取了女神的身体继续生存。

主角战胜的女神属于古神一族，与当今人们信奉的新神相对立，但不变的是他们都是神，对于拥有战胜神的力量，并夺取了女神的身体继续生存的主角而言，他是所有神和他们的信徒的敌人，他们称他为"神杀"，视他为必须毁灭掉的一种令人畏惧憎恨的存在。

在这种背景下，主角的生活成为了一场持续不断的灾难，他不得不在其他的神与信徒的围攻下，杀出一条血路，四处逃亡。新的攻击还会不断发生，他也只有继续厮杀，逃亡。这样的生活延续了几十年。终于在十几年前，主角与大国レウイニア信奉的唯一神"水の巫女"结成同盟，获得了一处安居之地。

现在，セリカ做为客将居住在レウイニア，为同盟者"水の巫女"效力。这一次他带着女仆シュリ来到这里，准备与レウイニア国的女将军レヴイア会合，共同完成一项任务，但他却晚到了三天，只为了游山玩水，难怪レヴイア会生气。

在一个月前，レウイニア遭到邻国エデイカーヌ的侵略，在战斗中，レヴイア率领的白地龙骑士团和主角遭遇了敌方魔术师召唤出的巨大龙形恶魔，这只恶魔拥有堪与整个国家的军力相匹敌的力量，所以这场战斗极其惨烈，众多的兵士战死，主角也丧失了神的力量。不仅如此，一班不了解状况的贵族，还在战后指责レヴイア指挥不力。在这种背景下，主角的同盟者"水の巫女"给了他们这项任务，借机让他们离开形势尚不稳定的国内，到这个偏僻的港城来"疗养"。

主角他们要完成的任务，是找出十八年前失踪的レウイニア国第四王位继承人，王女ラテイナ，让她作为政治联姻的工具。王女最后被目击的地点，就是这个港城ミルフエ，到这里后所获得的线索，指向了城市旁边的废矿坑。随着探索的不断深入，这个废坑的真实面目和当年王女失踪案的真相也渐渐浮现出来。

主角不会想到，这一系列事件的发生与自己有关。

十八年前的一天，主角再一次从神与人的围攻中生存下来，证明了他是真正的强者，那昂扬的姿态，印在一个窥视者的眼中，煽起了他灵魂中的欲望之火，他也想成为这样的强者。这个人就是アビル-ス，本是エデイカーヌ国的高级魔法师，但从那一天起，他就失踪了，接着，レウイニア国的ラテイナ王女也下落不明。