您对本作的评价其实倒算中肯。
不过，傲慢与偏见是人人都有的。剧作者有，您也有，我本人也不例外。所以，我觉得有时批判宽容些对多数人都是有益的。
针对您提到的几点缺点，我稍微说几句，
首先，上面一开始就说了，您的批评其实还算中肯，大体上都是确实的缺点。下面就我自己的体会简单做点解释，当然，我水平不高，说的可能不太好...
首先，关于刻板印象，这点其实整个游戏动漫产业都是这样，所谓的树立人物形象，首先就是贴标签，贴刻板的标签，这么做是为了先声夺人，之后的故事进程对角色的进一步补充和丰富的程度和水平，才是展现作者水平高低的时候。当然，他们中的大多数，在绝大多数作品中，展现的水平确实也偏低。这是低俗（非贬义）娱乐，而不是什么文学名著，本作单论剧本，在GAL类型中其实也算不上什么杰作，您有这种感受，自然也不奇怪。但是需要指出的是，游戏的角色和场景以及氛围塑造，本身就是文本音画演出共同起作用的，您自己也肯定了本作在音画演出方面的素质，我觉得，这就说明，在这方面其实可以高抬一手了。碎碎念女主能留下不错的印象就算是成功了，至于边缘人能够有更好的展现，还有一个原因，那就是作者对主角团是正向描写，由低到高的，而对边缘人是逆向描写，由高到低的，全系列看来的话，这是一个主角不断上升，并将下降的边缘人稳定在合适位置的架构。本作结局，确实是个坏结局，不管从哪个方面来看，这点就不说了。不过本作终究只是个引子，春天是发芽的季节。PS，作者立下的主角形象，其实还真不是文学少女，而是内向（懦弱）少女，好读书只是她自我保护和自我沉醉的一种手段和表象。
关于您第二段说的，有这么几点可说。其一，作者是男性，那么他对女性行为和心理的描写肯定和女性本身的有较大差别，这无关歧视无关大男子主义，单纯是作为男性的先入为主和作为男性对女性的憧憬喜恶和女性存在偏差，换成女性看待女性或者女性看待男性也有类似的偏差，这点首先应该明确并给予理解。接下来具体说。推理部分，我同样是觉得不好的，而且很不好，不多说。拉踩孤立，对作者来说，这无关女性无关情感，这是他那边校园生活中常见的现象，当然，这种现象很不好，他写出来，然后您看了讨厌，他不就达到了对这种现象进行借机批判的目的了吗，当然，这种断落太常见，其实在剧情中可有可无，换种表达方式也没什么不好的，只是作者就选了这样，也是可以理解的。接下来，关于对主要人物尤其是主角团的美丑描述，我上面说了，这是先抑后扬的做法，所以更多的展现了弱点，这是一个种子开花的过程。接下来要说的是，这些场面只是弱点而不是丑恶面，主角们只是少女，这样的缺点是未成熟的必然，换成男孩也是一样的。而且作者确实有这些弱点是因爱而生的意思（当然，作者本作中实际使用的段子显然过激了，我也认为那是很不好的），而且，怎么说呢，至少我确实觉得这些都是角色们所展现的可爱的一部分，如果您觉得这只是身为男性的独断，那么我不反驳，但是，我觉得作者也是出于喜爱去创作的。作者的剧情和描写令您不快，我想，单纯是因为作者水平有限吧。对于这段您后面明显的激愤我就不分析了。
您的第三段，关于眼镜，和真百合。我先说一句，我个人认为真百合是全系列里作者文本上刻画的相对最差的一个人物，本质上只是促成主角成长的原始驱动力，一个工具人，结局也不过是体现了主角的成长任务阶段性完成罢了，不多说。眼镜的话，我觉得眼镜很可怜啊，她的各种剧情安排是所有主要角色里可以说待遇最差的。不过，眼镜却可能是全系列里刻画最好的角色，对她的成长的刻画不下于主角，作为遭遇结局世界的直接相关三人组之一，由于立场的区别，选择了和主角不同的做法，呈现了不同的状态，并且一直支持着主角，（可惜是背景式存在，除了本作中的激烈举动之外，眼镜基本存在如水），贯彻了这个角色的情感表达。至少，是我全系列里最喜欢的角色。
最后说几点。其一，本作不是传统意义上的剧情向作品，而是气氛特化型，如果您感受到了那种阴柔的氛围，基本上就算游戏整体是成功的。其二，本作虽说是百合故事，但故事的核心其实不在恋情，而在成长，恋情只是载体，并且友情比重在游戏中不比恋情低，说起来应该是青春期少女情感成长日记。其三，全系列看，主角团不是通常意义的三角恋，只是单纯的两情相悦和单相思，这和本作中表现出的是不同的。其四，本系列，是以群像剧形式展现的主要描写主角一人各种成长的故事。其五，任何百合作品或者绝大多数的同性恋作品，都不适合真正的同性恋来看，男同女同都一样。
最后，复述一次，剧作者的水平真的很有限的，期待太高了必然有大的落差。不仅如此，本系列作为游戏的脚本安排构成其实相当不尽人意，从这个角度来看，本系列也算不上杰作。但本系列确实有它的亮点，是一款优缺点同样突出的作品。（ps，一般意义上来说，同性恋是不对的，无关男女；pps，您的评论同样充满了偏见，这是我作此回复的原因，我希望大家都能愉快的生活，减少相互歧视和攻击，真的）