九十年代末，城市化进程尚未开始，住在浪田镇的主角三輪正吾，是个活泼开朗……其实是有点精力过盛的少年，跟他的狐朋狗友和同学们快乐地度过着每一天。

　　但是正吾有着别人不知道的与众不同的能力。能看到常人看不到的东西的“眼睛”。能看见不应该存在于这个世上的东西（妖鬼、幽灵之类的）的眼睛。由于具有这种能力，正吾有着跟别人不同的生死观。

　　尽管如此，但是到目前为止，生活还是很平静的。

　　在当地唯一的升学地点“常浪学园”的第二个暑假将要结束的某天，正吾看到了漆黑的暗之少女。那就是一切的开端。

　　原本快乐的日子，开始弥漫上不安稳的气氛。尽管如此，正吾仍打算用天生的乐观来将这阴云驱散。而将正吾卷入事件的，是三名少女。

　　垒球部的王牌，讨厌着正吾的表妹。
　　躲在家里，失忆的迷之少女。
　　镇里家喻户晓的，咒术师家族出身的前辈。

　　在不知道那会威胁自己生命的情况下，正吾不知不觉间深深迷恋上了一名少女。

　　察觉到以后，在那里有的是无可代替的“重要的时间”。与和女的恋情、爱、那段短暂的时光，深深地渗透到了整个心里。